《魔兽争霸Ⅲ:混乱之治》的剧情围绕着四大种族和邪恶的暗夜魔王之间的战争展开。游戏以艾泽拉斯的永恒之井遭到破坏,导致世界陷入混乱和战争为核心事件,引出了四大种族的英雄们联合起来,抵抗邪恶势力的故事。
混乱统治主要讲的是阿尔萨斯在与亡灵的斗争中,寻求力量,从人类堕落到亡灵(人族战役)。继续寻找巫妖王头盔并合体(亡灵战役)。然后进攻精灵族,精灵族与兽族和人类联手抵抗(精灵战役)。