《新世纪福音战士》的凌波零是主角的母亲的克隆吗

不能这么说。

凌波丽的身体来自真嗣母亲的克隆，但是灵魂来自莉莉丝。在故事中可以看到凌波丽既有真嗣母亲的母性光辉（个人觉得绫波女神的微笑特有母性的感觉），同时由于凌波丽有莉莉丝的灵魂，所以她带有使徒的特征，最后和莉莉丝的身体融合成了巨大的白色凌波丽。不过凌波丽还是凌波丽，虽然她的身世比较复杂，但是她是一个真实的存在，不是一个工具，在剧场版中，凌波丽也是在明白这个道理后完成了自我的补完，最后与莉莉丝融合。